身患絕癥的雲天明買下一顆星星送給暗戀著的大學同學程心，而程心因參與（PIA）向三體艦隊發射探測器的工作，卻想讓航太專業背景的他放棄安樂死，作為被執行人將大腦捐獻給階梯計畫。與三體文明的戰爭使人類首次看到了宇宙黑暗的真相，地球文明因為黑暗森林打擊的存在如臨大敵，不敢在太空中暴露自己。在零道德的宇宙中發起黑暗戰役的戰艦被誘導返航，卻受到有道德的地球文明審判。 不稱職的懦弱少女程心被選來充當掌握地球命運的執劍人，她因為羅輯的成功將這看作一項只需花費時間的任務，剛剛任職水滴就向地球發動攻擊，程心為了忠於人性做出了錯誤的決定。在警示下繼續逃離的“藍色空間”號，受到具有發射引力波能力的“萬有引力”號與兩個同行的“水滴”追擊，其上的人員進入四維空間摧毀水滴並佔領了“萬有引力”號，啟動引力波廣播向宇宙公佈了三體星系的座標。 雲天明與地球取得聯系，通過講述三個自己編創的童話故事，向程心透露大量情報；人類自以為悟出了生存競爭的秘密，開始進行掩體計畫，維德領導的空間曲率驅動研究因為程心的錯誤判斷被終止，使得人類最終沒有能夠逃脫被高級文明毀滅的命運。因為宇宙中還存在更強大的文明，戰爭的管道和武器已經遠超出人類的想像，極高文明發出了一張卡片大小的“二向箔”，使整個太陽系壓縮為二維平面而毀滅。 在地球人類接近滅亡之際，只有程心和艾AA兩個倖存者乘坐光速飛船離開。羅輯成為設定於冥王星的地球文明博物館的“守墓人”，她們在冥王星帶走人類文明的精華。在雲天明送的恒星的一顆行星上，程心遇到關一帆且探討了宇宙降維的真相，然而超乎一切之上的力量要求宇宙歸零重生，在黑域中穿越長達1800萬年的時空……程心沒有等到雲天明到來，和關一帆在小宇宙中短暫居住後重新進入大宇宙生活